Hostigados por una nueva flota brasilera, los portugueses prefirieron huir por mar en un convoy con más de 80 barcos, de los cuales 13 eran de guerra. Para perseguirlos Cochrane sólo contaba con cinco naves de las cuales sólo confiaba en la que personalmente maniobraba. El Pedro Primero que con 74 cañones había sido tripulado con oficiales y marinos británicos, para evitar los problemas que suscitaban la inexperiencia náutica de los brasileros.
A pesar de la notable inferioridad numérica, Cochrane fustigó por semanas a la flota lusitana, capturando nave tras nave. De los ochenta barcos, solo 26 llegaron a Portugal, las demás fueron hundidos o abordados por Cochrane. Sin dar reposo a sus marinos Lord Cochrane se dirigió a Maranhao y allí les advirtió a los ocupantes de esta plaza que una enorme flota brasilera se aproximaba para destruir la ciudad, él solo asistía en son de paz para evitar el derramamiento de sangre. El truco dio resultados y la plaza cayó sin un disparo.
Greenfield repitió el engaño en Pará y la ciudad también se entregó.
En menos de seis meses, después de evacuar las fortalezas de Maranhao y Pará, Cochrane volvía a Río de Janeiro en diciembre del "23 como el nuevo paladín del Imperio. Pedro I lo compensó con títulos (Marqués de Maranhao, y caballero de la Orden de Cruzeiro do Sul) pero sin toda la retribución económica a la que él aspiraba. La gloria y los honores pasaron a segundo plano.
Si bien la relación con el Emperador era excelente, tenía serios problemas con los ministros, que (según Cochrane y su perspectiva paranoica) planeaban quedarse con el cuantioso botín capturado de las naves portuguesas. Para ellos esto era una reyerta familiar y la intromisión de Cochrane no merecía esta recompensación económica. Después de todo, ¿cuál era la diferencia entre los portugueses y los brasileros? El tema no era menor porque Cochrane reclamaba £ 1.000.000.
La noche del 3 de junio, Madame Bompland, la esposa del célebre naturalista, visitó la casa del almirante para advertirle que el Pedro I, su nave capitana sería requisado al día siguiente. Impresionado por la información y en el medio de la noche, Cochrane cabalgó hasta el Palacio de San Cristóbal y requirió ver al Emperador inmediatamente, siendo las 3 de la mañana. Fue tal el escándalo, que Pedro bajó a atender al almirante, al que le juró que nada sabía de la requisa. El emperador y el almirante acordaron que don Pedro se haría el enfermo para evitar la visita a la flota. En realidad poco debieron simular, porque pocas horas más tarde se enteraron que había estallado una revuelta republicana en Pernambuco y los ministros, urgidos por la necesidad de mantener el Imperio unido, desistieron de requisar la nave capitana y pagaron £ 100.000 en concepto de sueldos atrasados de los marinos. Cochrane volvía a ser el héroe del momento y el único que podía mantener unido al flamante Imperio.
REBELION
Así las cosas, en agosto de 1824 zarpó la flota a sofocar la acción de estos rebeldes que pretendían separarse del mandato de don Pedro. En Pernambuco los republicanos (había varios norteamericanos residentes en la ciudad) creían que tarde o temprano este asunto familiar se resolvería y Brasil volvería a la esfera portuguesa, de allí que propusiesen la formación de la Confederación del Ecuador, a semejanza de los Estados Unidos.
Cochrane negoció directamente con el presidente del nuevo régimen, Manuel Carvalho. Este trató de sobornarlo para que se pasase de bando, pero Cochrane una vez más permaneció fiel a quien lo había contratado y bloqueó la ciudad y la sometió a bombardeos. No hizo falta mucho hostigamiento antes que el frágil régimen se rindiera y Carvalho se viese obligado a buscar refugio en una nave británica.
El 9 de noviembre la flota llegó a Maranhao, donde el presidente, Miguel Bruce conducía a un ejército de esclavos proclives a producir desmanes. En pocos días Cochrane tomó el control de la ciudad.
El 1ero. de enero de 1825 le escribió una carta privada al Emperador pidiendo resignar a su puesto, ya que había cumplido con las tareas encomendadas y sabía que entraría una vez más en conflictos con los ministros.
En esos días de navegación, Cochrane meditó sobre su destino y esta paradoja de apoyar a un país que no reconocía sus méritos. Argumentando problemas técnicos, dirigió la fragata Piranga hacia las Azores primero y de allí a Inglaterra ya que, según él, necesitaba urgentes reparaciones. En su país fue bien recibido, sus connacionales no habían olvidado sus antiguas glorias y sabían de sus proezas sirviendo a naciones allende los mares.
Cochrane se paseó por las calles de Londres aclamado como un héroe. Durante una obra de teatro a la que asistió con Kitty en Edimburgo, el mismo Walter Scott le dedicó un poema a su esposa, ante el entusiasmo de la audiencia.